至科学家发布染色质蛋白组学分析法

当下生物医学研究的1个重要特点是技术手段的革新非常快，人类基因组计划完成后，组学水平的研究使得从整体水平认识生命进程成为可能。美国怀海德生物医学研究所的Richard A Young博士在这方面 特别是利用组学工具研究干细胞，做出了重要贡献。

早在2005年，他的实验室在《Cell》杂志上首次报导人胚胎干细胞中3个保项目全部建成投产后持多能性的重要基因 Oct4，Sox2和Nanog在全基因组上的结合情况，揭露这3个基因协同作用保持胚胎干细胞多能性的份子机制，并提出核心转录因子调控网络的概念，突破了研究单个基因在干细胞中作用的限制，首创了从整体水平了解干细胞复杂调控机制的新时期。

3月9日，Richard A Young博士带领的研究小组在《PNAS》杂志发表1项重要研究成果，题为 Chromatin proteomic profiling reveals novel prot它可以用于食品的包装材料和医疗中的手术缝合线eins associated with histone-marked genomic regions 。这项研究描写了1种染色质蛋白质组学分析方法，将ChIP与质谱分析技术相结合，来辨认与特定染色质类型相干的蛋白质，并在基因组范围内定位这类染色质。研究结果表明，这类方法是肯定含有特定组蛋白修饰的染色质相干的蛋白质的有力手段。

哺乳动物的基因组可编码1000多种转录因子、辅酶因子和染色质调控因子，但我们对其中大多数因子的基因组占有及其功能依然认识有限。了解这些蛋白如何与特定活性因子相互作用，和如何抑制基因组特定部份，将为探讨它们在整体基因控制中的功能提供线索，但是由于基因组学和蛋白质组学技术的固有局限性，使得这1信息的获得是费力和昂贵的。

染色质免疫沉淀-测序可以揭露1个特定蛋白质在基因组中的占有位置，但是非常费力，并且遭到候选基因组结合蛋白特异性抗体可用性的限制。质谱分析法可以辨认存在于特定基因组部位的大量蛋白质，但是不能揭露这些蛋白质如何占有基因组的特定部份。延伸浏览：DNA SMART技术让ChIP Seq研究更轻松。

在这项研究中，研究人员描写了1种方法，他们称之为 染色质蛋白质组学分析 ，该方法将ChIP与MS相结合，来肯定特异性修饰组蛋白标记的基因组区域相干蛋白。随后，研究人员用ChIP-MS分析了小鼠胚胎干细胞中包括特定组蛋白标记的染色质相干蛋白。

研究人员肯定了332个已知的蛋白和114个新的蛋白，它们都与这些组蛋白标记的基因组片断相干。大多数新的候选蛋白与各种疾病有关，它们的染色质关联可能为病发机制提供线索。其中，20的蛋白与癌症和/或孟德尔遗传病有关。如果对这些蛋白进1步研究，将会使我们对疾病机制有更新的认识。

这类染色质蛋白组学分析研究，产生了1个蛋白目录，包括与基因组区域相干的已知的、有关联的和新的蛋白质。其中有100多种组蛋白也被报导过，因此进1步的染色调剂弹簧的振幅和频率质蛋白质组学研究，对肯定ES细胞及其他细胞中另外的染色质相干蛋白并具有实验曲线、实验数据存储功能，将是非常有价值的。这类染色质蛋白质组学分析，对在动态环境中研究蛋白质组成的变化，也将非常的有用。